三井家的祖先據說是平安時代的關白太政大臣藤原道長，
但沒有確切的歷史考據。據說道長的第6子長家的後人，
第5氏子孫的藤原右馬之助信生，
在平安末期的1100年左右離開京都，
遷到了近江，並廢棄了藤原的姓氏，改姓三井。
信生作為地方官赴任並定居在近江地區，同時也成為了武士。
信生的第12代子孫三井出羽守乘定沒有子嗣，因當時三井家侍奉
守護源氏一族的守衛大名六角佐佐木，就從大名家得到了一個養子，
取名三井備中守高久。
從此在高久之後，三井家的子孫名字中都帶有一個「高」字。
後來，高久定居在琵琶湖以東鲶江的城郭里，
到了高久的第5代子孫—三井越後守高安的時期，正值織田信長劍指
天下的戰國時代，信長為了攻打京城，也順帶攻打近江一帶，
六角家的各城郭也相繼淪陷，自此六角家滅亡。
失去了主家的三井一家從近江逃亡到了伊勢地區（今三重縣、
奈良縣一帶），之後三井家就一直在津、松阪附近流浪，最後定居
在松阪附近的安之島，後來高安也死於此地。
這個高安正是三井高利的爺爺，因此也被成為三井家的「元祖」。
高安的兒子三井則兵衛高俊捨棄了武士的身份，
成為松阪城一個普通的「村民」,並在松阪開始經營起了當鋪、
販賣酒和味增的生意。
酒家的名字「越後殿的酒屋」來源於高俊的父親高安的官職名稱「越後守」。
這也是後來三井高利的「越後屋」的起源，並從「三井越後屋」誕生出了
「三越」的名號。
高俊與妻子·殊法共有4男4女，共8個孩子。
其中，元和8年（1622）生下的第8子，
就是成為「三井家祖」的三井高利。
17世紀初，三井高俊放棄武士地位從商，經營當鋪及酒醬商品。
八個兒女中的小兒子三井八郎兵衛高利（也叫三井高利），
待大哥過世後重振三井家族，51歲（1673）時離鄉創業同名的
和服店「三井越後屋」，依照自己特有的經營門道「越後屋商法」，
卓越成長，日後成為日本第一家百貨公司「三越百貨」。
高利的兒子們在各個店鋪負責採購及分工銷售，
形成早期的連鎖經營。成立10年後，營業額已經有5倍成長，
為了管理資金，便開設三井銀兩兌換店，日後成為三井銀行。
三井越後屋透過貴人牽線，成為幕府的御用和服供應商，
並因此在成立15年後發展為坐擁11家店舖、橫跨三都的特權富商。
寬永12年（1635），三井高利帶著母親給的10兩松阪木棉，
前往江戶（今東京）。當時高利才14歲。
延寶元年(1673)，三井高利創立越後屋三井綢緞店（三越）。
高利也將自己的商業據點從松阪轉移到了江戶。
後來，高利又在京都的室町通創設了京都綢緞店，
在京都和大阪也開設了錢莊。
吳服的銷售採取上門推銷的方式，並以一反（布匹的單位)
為單位進行銷售，貨款以賒銷的方式結算。
推翻當時的商業銷售方法，在「預售店」和「無現金折扣」（定價銷售）
之後，三越又拓展到了幕府的公款匯兌業務，成為一家成功的兌換商。
三井家也成為幕府御用商人，並一躍成為屈指可數的豪商。
之後，三井雖然不是幕府的全面御用商，
但與幕府的關係在初期的經營中起到了至關重要的作用，
他通過公款匯兌與幕藩體制建立了密切的關係。
1693年高利重病，召集子女討論繼承問題，並訂定遺書，
闡述他財產不分割的理念，教育後代團結及經商要點。
3個月後高利去世，長子三井高平接班。
二代的三井高平被視為「初代当主」（即初代家主），
15歲就加入家族企業經營，42歲正式接班後，開始進行三大改革：
建立人事制度，將個店轉成整體控管，並在1710年成立家族
資本中心「大元方」，共同調度資金且利潤上繳。
建立儲備金的小金庫，稱「穴藏金」。建立做為行為守則的員工手冊
「大式目」，也明確對於員工的獎勵，奠定了日後專業經理團隊
對於三井家族忠心耿耿的基礎。
高平秉承父親的理念，維持了三井家族不分家。
他將遺書發展為家族憲法，在70歲時以他的法名命名為「宗竺遺書」，
主要有5個方針：共同決議、儲備金機制、獎勵績效、政商關係、
接班培育；要求選賢與能及汰老任新，成為三井家族的聖經。
第三代的三井高房，因為憂慮富不過三代，便開始研究江戶年代的
50個破產故事，寫成《町人考見錄》，堪稱全世界最早的破產大全，
透過這番考察，高房也確定了三井的商業應對及借貸原則，避免公司
被壞帳拖垮。
專業治理下的三次危機與轉型 創立近200年後，
1866年，第八代家主三井高福面臨首次危機，和服與匯兌店雙雙
經營困難：和服店的商業模式被模仿，官方借貸無法收回，幕府
要求特權商人上繳御用金。
家臣推薦聘用外部經理人三野村利左衛門統整事務，
成功挽救危機，升任為「大番頭」（即大掌櫃）。
三野開始國際貿易，打下1876年合併後「三井物產」的基礎，
同年創辦日本首家私人銀行──三井銀行。
他推動專業改革、共同分潤、企業委託番頭管理等制度，
但仍為三井家族所有，開始了專業治理年代。
明治維新後，三井家憑藉薩長主導的明治政府請求出資的機會，
鞏固了政商聯合的基礎。經過幕府末期和維新時期，日本明治新政府
已經離不開三井財閥。
在明治維新後的中央集權政策下，明治政府任命三井家為御用商家，
也是由於在經濟相關官廳未整備的條件下，為彌補經濟政策技術上的不足，
政府才對三井這個巨商寄予了期待。
明治5年(1872)，越後屋綢緞店與三井的主流業務分離出來，
明治9年(1876) 創立了三井銀行。
同年，以井上馨和益田孝設立的商社先收公司解散為契機，
益田又創立了三井物產，並與三井組內的商事組織三井組的國產方
進行了合併。
政府從1880年（明治13年）左右開始將官營工廠以低價方式轉賣給了
三井和三菱等財閥，使得日本紡織業等產業因此變得繁盛，同時財閥們
擔負了起日本的產業革命。
三井的轉機發生在明治14年政變中下野的山陽鐵路社長，
中上川彥次郎和益田孝擔任三井元方董事的時候。
相對於商業派的益田孝，而倡導工業派的中上川彥次郎
讓眾多慶應義塾畢業生進入公司，並推進了三井的工業化轉型。
緊接著，為了解三井銀行的不良債務問題，
三井也開始考慮重新修建私營鐵路的經營意願。
明治26年(1893) 又設立了三井礦山，至此形成了
三井銀行、三井物產、三井礦山的御三家體制。
在第十代三井高棟的經營下，三井遇上第二次危機。
由於日本銀行成立導致業務減少，以及政府官員拖欠貸款等影響，
呆帳日益增多，始終無改革的三井遭遇明治維新以來的最大困境。
1891年時，中上川彥次郎被舉薦為外部經理人上任，
重建銀行及推動工業化政策的10年改革，促成三井的現代化，
但他轉向重視工業，冷落三井核心的三井物產。
1900年代初，三井遇上第三次危機，因過偏工業主義導致經營績效差，
由三井高棟帶頭的家族勢力對中上川彥次郎失去信心，改由益田孝接任，
接手後開始發展商業，並設立「三井合名」公司，來
統籌三井銀行、三井物產，及三井礦山三大資產，
逐步勾勒三井財閥的輪廓。
1930年以後，三井利用美元投資獲取利潤，引起日本社會的不滿。
三井高棟和益田孝協商，指定池田成彬就任總經理。
池田說服家族成員，成立財團法人「三井報恩會」，
並提出「家族退出經營的第一線」「公開出售三井的股票」「積極參與
社會事業」以及「定年退休制」等財閥轉型政策。
由於第一次世界大戰的爆發，三井財閥的產業也迎來了大發展，
特別是以三井物產和三井礦山為主，
三井順理成章地進軍造船、鋼鐵、煤炭化學工業等重化學工業領域；
以三井銀行為主，還拓展了信託、生命保險、損害保險等金融領域，
產業也由此變得更加多樣化。
1911年，三井又獲得樺太國有林的砍伐權，
並在1914年開始了造紙工業。
大正4年(1915) ，三井借著日本政府與中國袁世凱政府簽訂的的
二十一條要求為契機，進入中國發展。並以日本興業銀行為主，
提供了約2.5億日元的對中國貸款，對外貸款總額達11億日元。
此外，當時的三井造船還引進了日本第一艘柴油船赤城丸等。
通過與這些海洋國家和貿易協作效應，
三井一躍成為日本最大的財閥。
三井於1933年（昭和8年）開始，分別設立了東洋高壓日滿鋁，
投資曹達，擴大了化學工業。此外還新設了石川島渦輪·玉造船廠
（之後的三井造船），開始致力於機械工業。
池田成彬引退後，三井總兩家戶主三井高公和首席常務理事南條金雄
於1940年（昭和15年），三井物產吸收合併了三井合名公司，
並從三井物產中分離出來。
到了1944年三井總公司正式成立。
以九一八事變為契機，隨著日本軍費的暴漲，引發軍需業的旺盛
需求，這也成為重化學工業發達的主要原因。
日產、日氮、昭和電工等新興企業積極進軍中國。
戰爭期間，三井被日本政府要求進行戰爭合作，於是三井在南條金雄
（三井合名的理事）的領導下，積極推進協同國家合作政策，形成
軍需生產為主的煤炭和金屬礦業的開採。
當時日本全國三井礦山的煤炭產量從13%上升到接近20%。金
屬部門除了礦業外，還在朝鮮的義州設立礦山、本州設立日本鋅礦。
為了以鋁為原料生產飛機，1941年（昭和16年），將三井礦山旗下
的東洋鋁和日曹系的西鮮化學結合起來成立的東洋輕金屬（後來的
三井輕金屬）在朝鮮的楊市建設了鋁精煉廠。
l942年（昭和17年），三井收購了昭和飛機平壤工廠，
作為在朝鮮的飛機製造所。
三井礦山和物產一樣，在九一八事變之後進入了偽滿洲國、
中國南方的日軍占領地區等地，並開始經營各種事業。
在中國南方的占領區，根據陸軍次官的通牒，
三井被命令在菲律賓、蘇門答臘、佛印（越南、寮國、柬埔寨）、
緬甸、馬來、爪哇等地的礦山、煤礦、精煉廠進行強制經營合作。
但這些投資由於戰敗而化為泡影。
二戰後，以美軍為主的駐日盟軍總司令部（GHQ）下令解體日本財閥，
當時的社長三井高公（第十一代）因而辭職，三井財閥解散。
1950年代初，三井銀行發起成立「月曜會」，集結解散的直系及旁系企業，
1961年再創「二木會」，固定於每月的第二個禮拜四開會，成為三井集團
的領導機構，並象徵著三井集團成功重新整合。
現今的三井集團旗下公司數超過500家，
核心事業有三井物產（市值547.87億美元）、三井住友金融集團
（市值567.30億美元）、三井不動產（市值193.07億美元）。
三井物產去年收入1,083億美元，淨利70億美元。
在2023年的富比士（Forbes）全球2000強企業中排第107名。
三井家族並非三井物產最大的股東，也不參與三井集團的公司管理，
但不少後裔就職於三井旗下公司。
目前三井家的家主是第十二代的三井永乗，
身為建築師，曾設計三井紀念美術館。
