台灣第一間西醫醫院「新樓醫院」，
係由英國長老教會馬雅各醫生所創設。
1865 年6 月16 日馬雅各醫生與他的三名助手:黃嘉智藥師、
吳文水管家和陳子路傳道在西門城看西街(現今仁愛街43 號)
的一間民房，開辦看西街醫館 (即新樓醫院前身)，
此乃台灣醫療傳道的序幕。
當醫療工作正開始步上軌道時，不料引起本地漢醫恐慌，
有人造謠「紅毛醫生取心肝、挖眼睛，以此作藥。」
加上排外風氣日盛，馬醫生遭到反對者包圍，診所門窗亦受敲毀，
故僅僅廿三天的醫療工作暫告結束。
只好退回旗後的英國領事館保護區尋求避難，
後來在那裡租借宅院改建為禮拜堂和醫館，
繼續醫療傳道的工作。
1868 年12 月馬雅各醫生與助手吳文水重返台南，
翌年一月中旬租到二老口街「許厝」的公館 (位於今日北門路一段
「啟聰學校」博愛堂附近，也就是昔稱的舊樓)，設立醫館及禮拜堂。
當時馬醫生的醫術和名聲均受到民眾的肯定，
這時期正是台灣人接納「西醫」觀念的開始。
馬雅各醫生在台行醫傳道將近八年走遍中南部。
他返國後，由德馬太醫生繼任新樓醫院院長。
安彼得醫生1879 年接任院長後，因患者人數增多，
開始著手規劃興建大型醫院，1900 年新醫院落成，
在4月17 日將醫館由舊樓遷移到新樓，命名「新樓」。
「新樓」名稱來源，原無特殊之處，
只是單純口語上所稱之的新的樓房。
院內設有診療所、治療所、藥房及開刀房。
開刀房安置於二樓，才特別設置升降機以接送病患之便，
這是台灣第一架醫療用升降機。
1901 年馬雅各醫生的次子馬雅各二世醫生來台，
接任新樓醫院院長之職。他和護士身份的夫人用心栽培
本地年輕的見習生及護士，而且繼續擴充醫療設備。
新樓醫院自 1865~1935 年，前後70 年期間，
均由英國海外宣道會派遣醫生前來經營，教士會統籌管理。
1935 年12 月30 日南部大會自教士會手中接管經營新樓醫院，
第一任台灣人院長楊雲龍醫師，大約8年時間，其間因大戰，
宣教師撤離返國，在終戰後，經費無著，醫師缺乏，
大會決議結束醫院營運。
戰後台南中會來接辦負責新樓醫院的營運。
1950 年在台南中會屬下設新樓診所醫療部，
聘施文子女醫為第一任所長。
1961 年台南基督教醫療團正式接管新樓診所的醫療工作，
由王受祿博士為主席，劉瑞仁牧師兼任所長達13 年。
1985年新樓醫院重建，蓋成現代化病房西棟大樓，
由鄭良誠醫師接任院長，全心投入醫院的建設與發展。
1988年衛生署評定為地區教學醫院。
1990年二期東棟醫療大樓擴建落成，
1994 年增設安南門診部，
1997 年麻豆院區醫療大樓落成開幕。
台南院區於1999年升格為區域教學醫院。
奠定新樓醫院穩定發展的基礎。
第二任院長莊明雄醫師接任後完成第三期南樓大樓的擴建，
並成立台南市東區社區健康營造中心，對社區民眾
提供更多更優質的醫療服務。
2010年台南院區、麻豆院區評鑑榮獲優等，
麻豆院區並升格為區域教學醫院。
目前新樓醫院有台南新樓、麻豆新樓和安南診所三個院區，
總床數近900床，麻豆護理之家有200床，
共有員工約1700 名和200 多名義工。
