琉球的歷史區分在有文獻記錄之前可以分為舊石器時代
和貝塚時代兩個時代。
貝塚時代初期，琉球群島南部的土器和日本繩文土器極為相似。
但在貝塚時代中期，琉球的土器開始帶有較強的獨自特徵。
至貝塚時代後期時，琉球的土器再次受到九州的強烈影響。
在貝塚時代後期，海岸地區開始出現大型遺跡，
並且發現了唐朝貨幣開元通寶，
顯示琉球和中國大陸在這一時期已有交流。
琉球本島的貝塚文化相較，宮古和八重山群島的石器文化
則受到菲律賓等南方文化的影響較多。
12世紀之後，琉球進入以農耕文化為主的御城時代。
這一時期，人們從海岸沙丘移居到更適合進行農耕的石灰岩台地，
人口也大幅增加，並開始和其他國家進行貿易。
各地的首長被稱為按司。他們修築御城以保衛自己的村莊
並積極展開和外國的貿易以擴充實力。
御城出現範圍北起奄美群島、南至八重山群島，有三百至四百處。
早期的御城多是面積不大的小型御城，後期開始出現大型御城。
進入14世紀之後，琉球本島出現了三個國家，
包括以今歸仁城為中心的北山國、以浦添城為中心的中山國、
以及大里城為中心的南山國，是為三山時代。
1372年，明朝派遣使者楊載訪問中山國，
要求中山國王察度朝貢並獲得同意。
此後南山國王承察度、北山國王怕尼芝也相繼入貢明朝，
三山均進入朝貢體制範圍之內。
1406年，佐敷按司尚巴志推翻了察度王統第二代國王武寧的統治，
立自己的父親尚思紹為國王，開啟了第一尚氏王朝。
1416年，尚巴志趁北山國諸按司不滿國王之機攻滅北山國。
他魯每執政的南山國長期內訌不斷，
在1429年被尚巴志攻滅。
中山國至此實現琉球本島的統一。
第一尚氏王朝在成立之後因多位國王早夭而政權並不穩定，
在第五代國王尚金福王去世之後更發生志魯布里之亂，最終由
尚泰久王就任第六代國王。
尚泰久王在即位之後又發生護佐丸阿麻和利之亂，但被尚泰久王平定。
繼承尚泰久王即位的尚德王是一位暴君。
在他過世之後，家臣團發動政變，推舉重臣金丸即位國王。
金丸在即位之後改名尚圓，開啟了第二尚氏王朝。
在第二尚氏王朝的第三代國王尚真王統治時期，
琉球國確立了中央集權的政治體制。
尚真王將割據各地的有力按司集中在首里
並派遣官員直接管理各地，
還將琉球國的統治範圍擴張到北起奄美群島、
南至八重山群島的廣大範圍。
琉球國的文化在這一時期也有很大發展。
琉球國因積極朝貢而得到明朝的優厚待遇，
並因此成為東亞地區重要的中繼貿易據點。
琉球國的眾多進貢品和與中國之間的貿易品都是來自日本，
並將中國商品銷往日本。
東南亞地區和日本、中國並列為琉球最重要的貿易對象。
此外琉球和朝鮮半島之間也有貿易往來。
但在16世紀地理大發現使得葡萄牙、西班牙商人開始在
東亞進行貿易，加上明朝的海禁政策有所緩和之後，
琉球國的貿易地位大幅下降。
宮古群島和八重山群島長期處於群雄割據的局面。
1474年，宮古島當地豪強仲宗根豐見親歸順琉球國，
宮古島進入琉球國控制範圍之內。
1500年，琉球國派軍隊攻滅石垣島統治者遠彌計赤蜂。
1522年，仲宗根豐見親攻占了與那國島，
至此琉球國完全控制了八重山群島。
琉球群島北部的奄美群島也在1466年時
完全進入琉球國的統治範圍。
1609年，薩摩藩主島津氏攻佔了琉球，國王尚寧投降。
此後琉球國成為薩摩藩駐軍和實際控制的屬國，
並將奄美群島割讓給薩摩藩。
此後琉球國雖然部分被納入幕藩體制之中，
但在名義上仍是獨立國家，並得以繼續對中國朝貢。
17世紀中期，羽地朝秀對琉球國的政治和風俗進行大規模改革，
實施親日路線。18世紀中期，蔡溫繼承了羽地朝秀的改革政策，
使得琉球國內政有很大改善。
日本在明治維新之後於1871年實施廢藩置縣，開始近代化。
1871年，發生琉球船隻漂流到台灣後船員被當地人殺害的八瑤灣事件。
這一事件成為日本政府合併琉球的契機。
日本在翌年廢琉球國為琉球藩，是為琉球處分。
為避免清朝干涉和琉球王族的反彈，明治政府最初並非將琉球設為「縣」
而是已在日本本土被廢除的「藩」。
然而1874年，又發生琉球漂流船船員在台灣被殺，
日本以此為由攻擊台灣的牡丹社事件。
在事後的調解過程中，清廷承認日本此舉是「保民義舉」。
日方認為清朝的這一表態承認了琉球是日本領土，
在翌年要求琉球藩停止對清朝朝貢。
此後王府內分化為同意接受日本條件的派別和反對派兩派，
難以達成共識。1879年3月，日本政府宣布廢琉球藩並改設沖繩縣，
令琉球藩王尚泰搬到東京。
此後琉球藩的部分士族及平民流亡清朝，
並要求清政府向日本施壓使琉球復國。
宮古和八重山群島對日本吞併的反對更加強烈，
曾發生翻譯官被當地民眾殺害的贊成事件，但最終被平定。
沖繩縣的縣名取自於沖繩人對本島的自稱。
「オキナワ」這一地名首次出現在文獻記載是在
奈良時代光仁天皇寶龜10年(779) 《唐大和上東征傳》，
當時漢字音譯是「阿兒奈波島」。
而近代的日文文獻則大多使用「沖繩」表記。
清政府曾請美國前總統格蘭特與日本談判琉球問題。
日方接受了格蘭特的建議，對清朝提出了將沖繩群島以北劃
為日本領土、將宮古和八重山群島劃為清朝領土的方案。
此後清朝又提出將奄美群島劃入日本、琉球國在沖繩群島復國、
宮古和八重山群島劃入清朝的方案，
但談判最終未果。
甲午戰爭清朝在戰敗之後割讓台灣給日本，
無力解決琉球問題，琉球復國論也偃旗息鼓。
日本在直接統治沖繩縣之初實施舊慣溫存政策，
保留了琉球國時期的土地和稅收制度，
導致沖繩近代化進程滯後。
甲午戰爭之後，隨著日本對沖繩的統治開始穩定，
舊慣溫存政策被同化政策取而代之，
沖繩社會開始快速日本化。
1930年代之後，日本開始發動軍事戰爭。
沖繩縣也自1940年代開始在戰時體制下強行普及標準語，
將姓氏讀音從琉球語發音改為日語標準語的發音，
皇民化壓力迅速加強。
1943年，日軍開始在沖繩徵地，修建軍用機場。
1945年3月，美軍開始登陸琉球群島，沖繩島戰役爆發。
這場戰役極其慘烈，有鉄の暴風之稱。
美軍在沖繩島戰役中有12,520人陣亡，
日軍的陣亡者則更多高達94,136人。
此外，平民的傷亡亦極為慘重。
1945年8月日本投降之後，日本全國進入盟軍佔領時期。
沖繩則在6月沖繩島戰役之後就被美軍佔領，並在9月就進行了
首次選舉以選出各地市長和議會議員。
1946年4月，沖繩民政府成立。4年之後，統轄奄美、沖繩、
宮古、八重山四地的群島政府成立。
戰後沖繩進入美國統治時期，並興建大量美軍基地，
嘉手納基地是目前美軍在遠東地區最大的空軍基地。
1960年代，沖繩縣祖國復歸協議會成立。
沖繩民眾還在簽訂舊金山和約的4月28日進行示威，
要求回歸日本的運動開始表面化。
1969年11月，日美發表共同宣言，
美國放棄琉球行政權並移交日本。
1972年5月15日，美國放棄琉球並移交日本，
沖繩縣再次成立。
